Работа с программой PSI-BLAST

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt.
Параметры программы BLASTP.
• Учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) — не производится.
• Фильтрование областей низкой сложности (Low complexity) — производится.
• Максимальное значение E-value — 10.
• Максимальное количество находок — 1000.

Параметры лучших находок из бактерий и животных.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	Процент идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5*10-82	LGB1_LUPLU	100%	154
В бактериях (Bacteria)	36	1*10-6	HMP_RHIME	29%	117
В Escherichia coli K-12	0
В животных(Metazoa)	26	2*10-6	NGB_BRARE	25%	141
В человеке	3	5,8	CRNL1_HUMAN	28%	78



У человека обнаружено три возможных гомолога. Среди кишечной палочки гомологов не обнаружено.

1. Итерактивный поиск гомологов LGB1_LUPLU(P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST
   Параметры программы PSI-BLAST.
   • Учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments)— не производится.
   • Фильтрование областей низкой сложности (Low complexity) — производится.
   • Максимальное значение E-value — 10.
   • Максимальное количество находок — 1000.
   
   
   После пяти итераций программа перестала выдавать новые последователь ности с E-value меньшим, чем 0,005. Причём при работе с программой PSI-BLAST общее число находок по сравнению с результатами BLASTP уменьшилось (возможно уточнение профиля понизило вес какой-то замены, и последовательность осталась за чертой 10,000).
   
   Результаты поиска.

   Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
   					Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
   	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	Процент идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
   1	21(36)	21+	5(26)	5+	-				CRNL1_HUMAN	5,8	28%	78
   2	38(50)	17+	332	327+	HMP_ECOLI	1*10-29	20%	148	NGB_HUMAN	2*10-19	21%	143
   3	38(47)	-	879(890)	547+	HMP_ECOLI	6*10-28	20%	148	HBG2_HUMAN	8*10-45	18%	150
   4	38(52)	-	884(896)	5+	HMP_ECOLI	2*10-22	20%	143	HBE_HUMAN	5*10-54	17%	154
   5	38 (55)	-	884(894)	-	HMP_ECOLI	2*10-22	20%	143	HBE_HUMAN	5*10-54	17%	154

   Розовым цветом выделена последовательность из Homo sapiens с E-value выше, чем 0,005. В последующих итерациях она не участвовала.

   1. Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?
      Psi-Blast испольуется для поиска далёких гомологов. Например, известно, что какой-то белок кишечной палочки гомологичен какому-то белку человека. Но, проведя поиск с помощью BLASTP по одному из этих белков, второй оказывается не найден. Возможно, и многие другие важные гомологи не находятся. Получается, что BLASTP не подходит для поиска далеких гомологов. А вот программа PSI-BLAST справляется с этой задачей, какой вывод можно сделать из второй таблицы.

   2. Что представляет собой первая итерация PSI-BLAST?
      Алгоритм первой итерации в точности повторяет алгоритм BLASTP.

   3. Что удалось найти в результате упражнения №2 (поиск последовательностей при помощи PSI-BLAST)?
      В результате второго упражнения удалось найти несколько сотен далёких гомологов (некоторые из них даже принадлежат другим царствам). Все найденные белки (например, флавогемопротеин кишечной палочки) или их части (например, субъединица гемоглобина) выполняют одну и ту же функцию - непосредственно учавствуют в переносе кислорода.

   4. Что происходило с "лучшими находками" на разных итерациях?
      После каждой итерации (кроме последней) менялось количество найденных последовательностей, E-value лучшей находки, иногда и сама лучшая находка (конкретная информация в таблице).

      ---

      © Лозиер Екатерина